Současnému městečku předcházel hospodářský dvůr, založený pravděpodobně na přelomu 13. a 14. století (možná i dříve) nejspíše cisterciáckými mnichy z blízkého sedleckého kláštera a jimi nazvaný “Nový dvůr” (Nowa curia). Dvůr vlastnil klášter nepřetržitě až do husitských válek. Sloužil potřebám kláštera a zpočátku zde pracovali jen laičtí bratři (konvrši). Předpokládá se, že se nalézal přibližně v místě starší části dnešního areálu zemědělského družstva. Jeho přesná lokalizace vzhledem k četné pozdější výstavbě i terénním úpravám v tomto místě v dobách minulých, kdy ještě nebyl prováděn systematický archeologický průzkum, není ale již v podstatě možná.

11. dubna roku 1701 povýšil císař Leopold I. ves Nové Dvory na městečko. Překlad textu "majestátu" je podle Josefa Ledra z publikace z roku 1884 "Děje panství a města Nových Dvorů"